Por regras da propria sefaz ao tentar emitir um ciot por um cnpj filial e o mesmo ocorrer da melhor maneira, é exigido que o cnpj do contratante que e enviado na hora da emissão seja o cnpj da matriz e nao da filial, para fazer isso é bem simples, basta adicionar uma configuração.
Clicando em cima do nome da empresa será aberto uma tela de configurações de emissão, na aba de configurações de ciot basta marcar que o cnpj em questão se trata de uma filial, após é so informar o cnpj que compreende ao da matriz e pronto, na hora da emissão já ocorrerá tudo normalmente.
Isso se deve principalmente pela sefaz não fazer uma distinção entre certificados digitais, seja matriz ou filial, o certificado sempre será o mesmo, então por conta de regra de negócio é pedido que sempre seja enviado o cnpj da matriz independente da empresa que se está fazendo a emissão, é um processo legal, e previamente orientado pela sefaz.
